Указом Президента Российской Федерации от 12.07.2002 г. № 738 назначен судьей Балтийского флотского военного суда.

Указом Президента Российской Федерации от 07.12.2011 г. № 1592 назначен членом президиума Балтийского флотского военного суда.

прекратить с 1 октября 2021 г. полномочия судьи Балтийского флотского военного суда Исаева Геннадия Николаевича на основании подпункта 1 пункта 1 статьи 14 Закона Российской Федерации «О статусе судей в Российской Федерации» в связи с уходом в отставку.